偏光顯微鏡在物理化學中校用于方位角旋轉(zhuǎn)的測定和雙折射介質(zhì)中相仿差的測定。而它的準確的定量應用是在礦物學和巖石學中光袖的準確斷定，在雙折射基礎上晶體的鑒定是省石學和礦物學中大量的經(jīng)常的工作。而在生物學和醫(yī)學中偏光顯微鏡被廣泛應用的可能性是比較小的，部分是因為生物學標本的各向異性比起無機物標本是比較小的。另外，具有多于一個光軸的物質(zhì)在生物學巾也很少發(fā)現(xiàn)。

在生物體中，不同的纖維蛋自，例如膠原蛋白、彈力纖維(在—‘定的條件下)、張力纖維和肌肉中的肌原纖維等結(jié)構顯示出明顯的各向黨性，它們都具有在長軸—亡的雙折射性。這些蛋白質(zhì)在應用其他技術測定之前，已經(jīng)使用偏光顯微鏡得到了在這些纖維中分子排列的詳細情況。同樣，用電子顯微鏡n經(jīng)看到的神經(jīng)周圍由脂類和蛋白質(zhì)組成的儲期的可變雙分子膜層結(jié)構，現(xiàn)在己用偏光顯微鏡非常精確地匠災了，采用部分交叉的棱鏡觀察蘇木核染色的人延髓神經(jīng)細胞切片時，在常規(guī)顯微鏡下不明顯的細胞間神經(jīng)纖維的雙折射髓鞘變得十分明顯。

對于具有品體構造的生物學材料，例如淀粉粒，應用偏光匝微鏡也可以進行觀察。例時，利用偏光顯微鏡還可以研究動物和植物的活體細胞，最近紡距絲的比較微弱的雙折撲性質(zhì)(起因于紡題絲微管中蛋白質(zhì)分子的定向排列)．已經(jīng)在很大程度L被用來研究細胞在不同分裂時期結(jié)構上的定性和定量變化，并且使用又有高消光但的偏振棱鏡和牧強的光源，用縮時攝影可以記錄分裂周期中紡額體的變化。在一些特殊的生物學材料中，例如具毛•高雙折射的內(nèi)耳平衡器中的聽石，就會顯不出清晰的偏振光效應

在偏光顯微鏡使用中應注意下例事項；

考慮到雙折射現(xiàn)象的重疊，用于偏光顯微鏡的切片厚度決不能超過10μm；組織塊

應盡可能地切成三個互相垂直的平面；粘著切片材料時不應使用蛋出——甘油粘著劑；由于石蠟的存在會嚴亞地破壞雙折射，因此使用二甲苯溶蠟的常規(guī)方法對于除去切片中殘存的石始是遠遠不夠的，必須采用把切片在本Ig——氯仿中50℃下處理2叫、時的方法*除去殘留的石蠟，用這種方法也可以除去現(xiàn)代包埋介質(zhì)中的塑料。另外在用于，偏光顯微鏡的切片中，除了石蠟外，其他的污物也應該清除干凈。

偏光顯微鏡在測定呈現(xiàn)很微弱曲各向異性材料的情況下，應該使用棱鏡代替片層偏振器；為了降低背景的光量，應該使用反射較差的玻璃表面以及特殊的無熒光浸油，因為背景的光會減弱雙折射現(xiàn)象。